يعد المكتب التنفيذي المحور الأساسي في برنامج خدمة ضيوف الرحمن ويعمل على تمكين ودعم الرئيس التنفيذي من خلال إدارة جميع المهام المتعلقة به وتقديم خدمات الدعم والمساندة المتنوعة والتعامل مع مختلف الجهات الحكومية الأخرى. ويتكون فريق المكتب التنفيذي من عدد من الأقسام التابعة لإدارته التي تساهم في تمكين دوره بشكل فعال:
- إدارة الاتصالات الإدارية والأرشفة
إدارة الاتصالات الإدارية والأرشفة تعنى بإدارة المعاملات الواردة والصادرة ومتابعة المعاملات بنوعيها للبرنامج ومعالجتها وأرشفتها بشكل يسهل متابعتها والحصول عليها في أي وقت.
- إدارة المشاريع الخاصة
إدارة المشاريع الخاصة تعنى بالتدخل السريع لاحتضان مواضيع أو قضايا معقدة ذات أهمية عالية للبرنامج وتأطيرها بتحويلها إلى مشاريع قابلة للتنفيذ والدعم في إطلاقها ثم تسليمها للجهة المستفيدة. كما تعمل الإدارة على تحقيق مكاسب سريعة من خلال جمع وتوليد أفكار المشاريع والعمل عليها مع الجهات التنفيذية بالبرنامج
- الإدارة القانونية
تعنى الإدارة بتقديم الخدمات الاستشارية القانونية والدعم القانوني لكافة أقسام وإدارات البرنامج، وفقاً للأنظمة واللوائح المعمول بها، والمشاركة في اللجان الداخلية.